单片机如何采集内部产生的方波信号？

小弟在做一个试验，就是从单片机内部引脚产生一个占空比可调 频率可调的方波，然后进入AD，AD转换后在通过本身单片机实现在液晶显示转换结果，
现在我是分别做的这两部分：1.从外部输入一个方波信号，能实时液晶显示转换结果
                          2.单片机内部也能产生一个占空比可调 频率可调的方波了
但是两者结合起来，我发觉程序的流程有点混乱，还请高手指导下程序流程。
比如是一直产生方波是需要中断的，这样的话会对我现在做的采集工作产生影响吗？

怎么没人回答你呀？

你难道不积分一下就送到AD去采样吗？

你采集的频率要求很高吗？

我从外部输入的是1KHZ的方波，采样是行的。关键是现在两部分综合后，感觉程序不是很好写，能不能提供各好点的思路？