Rapid IO的第二层是传输层，实现Rapid IO数据包的路由、传送。所有的逻辑层协议均使用单一的传输层实体来实现，这样无论逻辑层怎么变化，或是采用何种方式来封装应用，都可以用单一的传输层实体来实现，即使有新的逻辑层规范出现，也可以用这个单一的传输层来实现。
Rapid IO的路由和交换是通过每个终端设备的ID号来实现的。每一个终端都会分配一个唯一的ID号，当一个终端发出一个数据包时，在它的包头中包含有目的终端的ID号和发送源端的ID号。每一个交换器在它的每一个端口上都有一个交换路由表，根据此表就可以决定此数据包由那一个端口送出。每个端口的路由表需要在系统初始化时进行配置，这与以太网相比，显得不是非常的灵活和智能，但正是如此，使得系统的路由实现变得非常简单。同样对于组播功能的实现也变得简单，只是由单一的传输层就可以实现了。
Rapid IO系统构成如左图，包括两类器件，一个是终端，产生数据包和接收数据包；另一类是交换器，实现数据包在各个端点间的路由和传送，且不对数据包做解释。
Rapid IO的传输层包头中的另一个字节是HOP_COUNT，是用来实现终端对交换器的初始化和路由配置，Rapid IO交换器的配置可以用任一个与之相连的终端进行配置，当交换器收到一个数据包时，它会首先判断收到包的HOP_COUNT值，如果此值是0则由此交换器终结此数据包，交换器利用此数据包的数据进行读写操作；如果此值不是0，则交换器将此值减一，然后按照目的ID值查路由表进行转发。如果是要对级连的多个交换器进行配置，可以在发送这些维护包时设置HOP_COUNT为0,1，2等对与之相连的第一个交换器，第二个交换器以及第三个交换器，以此类推。
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