为了提高电致生物效应高压脉冲源连续运行时的输出精度及可靠性，设计了一种基于嵌入式实时操作系统Small RTOS51的电致生物效应高压脉冲源控制系统。采用NEC8254-2低成本地实现频率、占空比可调PWM输出，以MAX526，MAX197分别实现D/A，A/D功能，构成高压脉冲源输出控制与反馈回路，并提出了一种改进的采样信号中位值滤波算法。与传统中位值滤波算法相比，该算法具有更高灵敏度，基于RTOS的程序设计，提高了系统的可靠性。实验结果表明：高压脉冲源在连续运行条件下输出精度稳定达到0.1%。