Windows CE有许多特性使得它不同于其它Windows 平台。首先，运行Windows CE的系统，大多数可能不使用Intel x86兼容微处理器。实际上，Windows CE运行在4种不同的CPU系列里：SHx, MIPS, ARM, 和 x86。幸运的是，开发环境几乎将各种不同CPU的所有差异与程序员隔离开了。　　Windows CE程序事先不能确定屏幕或键盘。Pocket PC设备有一个240*320的纵向屏幕，而其它系统具有传统的480*240,640*240,640*480像素分辨率的横向屏幕。一些嵌入式设备则根本没有显示器。一些目标设备可能不支持彩色，并且大部分Windows CE设备用触摸屏替代了鼠标。一些在触摸屏设备上，轻触屏幕，表示鼠标左键点击，没有明显的方法代表鼠标右键。为了能处理右键，Windows 约定，当轻触屏幕的时候，按下Alt键，由Windows CE程序把这个组合序列解释为鼠标右键点击。