目前，基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一，引起了广泛的重视。特别是高密度的DNA微阵列，由于它荷载了成千上万个DNA片段，可用于高通量的生物学检测，其开发和利用已进入商业化阶段，而其信息处理和信息挖掘更受关注。本文介绍了基因芯片分析中聚类分析软件的设计与实现过程，并对软件系统结构、功能模块、关键技术进行了阐述。该软件能完成基因芯片分析中聚类分析工作。它的开发为从事基因芯片分析的研究人员提供了有效的数据处理和分析工具。关键词：生物信息学；基因芯片；聚类分析；差异基因； 基因芯片，又称DNA芯片（DNA chip）或DNA微阵列(DNA microarray),是随着“人类基因组计划”（human genome project, HGP）的发展而发展起来的一项新技术，可广泛应用于基因序列分析、基因突变检测和多态性分析，以及疾病的基因诊断等许多领域。 目前，基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一，引起了广泛的重视。特别是高密度的DNA微阵列，由于其荷载了成千上万个DNA片段，可用于高通量的生物学检测，其开发和利用已进入商业化阶段，而其信息处理和信息挖掘更受关注。鉴于此，本软件是一个基于C/C++开发的基因芯片聚类分析软件，用户可根据实际的需要采用软件提供的多种不同的聚类技术实现基因芯片的数据挖掘。本文从软件系统结构、数据文件的格式、聚类的方法、差异基因的判断这五个方面对软件的设计和实现功能进行了详细阐述，着重介绍了聚类分析、差异基因判断所应用的相关算法和设计过程。